Sono organi dell'Associazione Lombarda: l'Assemblea, il Comitato provinciale, il Consiglio direttivo, il Collegio dei revisori, il Collegio dei probiviri.
L'organo di base attraverso il quale viene garantita l'espressione di tutte le attività e degli orientamenti del corpo sociale.
L'organo di collegamento tra le farmacie del territorio e il Consiglio Direttivo, che ha funzioni consultive e informative per la base sociale e ogni quattro mesi relaziona al Consiglio sulle esigenze manifestate dal corpo sociale. Ogni suo componente rappresenta da 10 a 15 farmacie sul territorio.
L'organo dirigenziale al quale compete la direzione effettiva dell'Associazione Lombarda nel perseguire gli scopi sociali secondo gli indirizzi indicati dall'Assemblea e dal Comitato provinciale. È composto da 11 consiglieri tra i quali un Presidente, due Vice-Presidenti di cui uno rappresenta le Farmacie rurali, un Segretario e un Tesoriere. Il Presidente assume la rappresentanza legale dell'Associazione Lombarda. Il Consiglio è attualmente così composto:
L'organo di controllo e sorveglianza sulla gestione sociale. È composto da tre membri effettivi e due supplenti, eletti dall'Assemblea. Attiene al controllo trimestrale della gestione sociale, i membri sono supportati dal Tesoriere e da un professionista esterno munito di specifico mandato. Il Tesoriere sovrintende all'esecuzione delle attività di carattere economico e finanziario, su delega del Consiglio direttivo. Il Collegio riferisce all'Assemblea sul bilancio preventivo e sul rendiconto, con relazione scritta. Il Collegio esperisce il proprio mandato di controllo avvalendosi, per disposizione statutaria, dell'assistenza di almeno un dottore commercialista. Il Collegio dei revisori è attualmente così composto:
L'organo di giustizia interna dell'Associazione, è composto da tre membri eletti dall'Assemblea. Esprime un giudizio collegiale su qualunque divergenza o contenzioso tra soci e/o tra l'Associazione e i soci. Giudica con modalità irrituali e il lodo è inappellabile. A tutti questi organi partecipa il direttore dell'Associazione Lombarda.Il Collegio dei probiviri è attualmente così composto:
